ORL/IA

Challenge
Programme :  Epidemium Season 3
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Acceptation des projets

Prédire l'évolution des cancers ORL induit par le Papillomavirus à partir de coupes histologiques de tumeurs.

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ORL/IA

Qu'est-ce que le challenge ORL/IA ?


Nous pouvons observer une évolution rapide des cancers ORL (otorhinolaryngologie) en particulier oropharyngés dans les pays occidentaux, affectant principalement les hommes, plutôt jeunes sans facteur de risque de consommation excessive d'alcool ou de tabac. En cause, le Papillomavirus (HPV), également responsable du cancer du col de l'utérus, pour lequel de nombreuses campagnes de vaccination ont été menées. Les cancers oropharyngés HPV+ ont certainement un meilleur pronostic avec l'action du micro-environnement. Le micro-environnement correspond aux cellules immunitaires présentes autour des cellules tumorales. Plusieurs techniques sont utilisées pour trouver HPV dans les cancers dont l'hybridation in situ. Actuellement, les connaissances sur le comportement de ce type de cancer sont encore minces, les chercheurs et pathologistes oncologues luttent pour déterminer des critères de sévérité et des facteurs pronostics.



Objectifs


A partir de données d'anatomo-pathologies (coupes de tumeurs) de cancers de l'oro-pharynx HPV-induits, le challenge ORL/IA comprend 2 objectifs :

  1. A partir de coupes HE (hématine/éosine), comparer le microenvironnement en fonction de la quantité d'HPV.
  2. Comprendre le micro-environnement luttant ou non contre les cellules tumorales et l'importance potentielle de leur répartition spatiale.


Le but final est de deviner, avec des coupes HE, s'il y a une infection au HPV (pour éviter de faire d'autres examens de diagnostic) et de prédire le rôle du micro-environnements dans les cancers oropharyngés HPV+, en fonction des résultats d'exposition au HPV en hybridation in situ


Découvrez l'interview du Pr. Cécile Badoual sur Médium pour d'autres éléments de contexte 


@datascientist les dataset et les précisions sur les input/output des modèles sont à venir



Résultats attendus 


Algorithmes IA de lecture automatisée de lames d’anatomo-pathologie à des fins de typage histologique et d’évaluation de l’agressivité des cancers de la gorge HPV-induit.



Les données


Les données sont issues de la cohorte “KORL” de 61 patients, mise à disposition par le service de cytopathologie de l'hôpital Européen Georges Pompidou (AP-HP, plateforme partagée avec Inserm U970).


Données d'imagerie 


Les données d'imagerie sont des champs d’intérêts provenant de coupes histologique de biopsie ou de pièce opératoire de tumeurs de l'oro-pharynx HPV-induites. Ces données proviennent d'un panel qui représente un groupe de marqueurs cellulaires que l’on cherche à mettre en évidence. Chaque champ d'intérêt est coloré par 7 immunomarqueurs, les cellules prennent ensuite la couleur relative à leur type immunologique.



Données cliniques 


  • Sexe (H ou F)
  • Age au diagnostic (années)
  • Durée de suivi (en mois)
  • Durée de suivi sans récidive (en mois)
  • Décès (0 ou 1)
  • RNA scope (0, 1 ou 2)
  • Classification TMN
  • Tabac (0 ou 1)
  • Alcool (0 ou 1)
  • Chimiothérapie (0 ou 1)
  • Radiothérapie (0 ou 1)
  • Traitement curatif (0 ou 1)
  • Traitement palliatif (0 ou 1)


Les données cliniques sont anonymisées avec la "technologie Avatar" par Octopize.



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Comment créer ou joindre un projet ?


Après avoir rejoins les pages "programme" et "challenge" :

  • Tu peux créer une équipe ici. Une fois ton équipe formée, crée un projet sur JOGL avec un nom percutant. N'oublie de mettre ta page "projet" régulièrement à jour en fonction de tes recherches, progrès et résultats.
  • Et/ou, s'il y a un projet déjà créé qui t'intéresse ou un besoin spécifique d'une équipe auquel tu peux répondre, tu peux rejoindre une équipe ici 


Ceci te donnera accès à tous les updates, des évènements aux équipes cherchant de l'aide.


*Les ressources (jeux de données, outils collaboratifs, etc...) seront disponibles le 9 septembre*



Quelles sont les guidelines d'un article scientifique ?



Pour être publié dans un journal scientifique, un article doit suivre des règles spécifiques. Ton résumé et ton poster devront suivre ces instructions :


  • Le résumé et le poster seront structurés sur le modèle d'un article scientifique :
  1. Introduction (contexte et problématique)
  2. Matériel et méthode
  3. Résultats
  4. Discussion
  5. Conclusion


  • Le résumé devra être accompagné de mots clés (5 maximum). 
  • Les documents devront être écrits en anglais.
  • Seul les résumés et les posters posté sur GitHub ou GitLab avant le 25 novembre seront évalués par les comités.


Pour en savoir plus sur le processus d'évaluation par les comités, rendez-vous sur la FAQs!



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Pour toutes autres questions, rendez-vous sur la FAQs!

Contact: epidemiumcc@gmail.com



ODD(s) abordés
3Bonne santé et bien-être
Compétences attendues
Open science
Cancer
Cancer research
Cancer informatic
Data science
Lancement: 9 septembre 2021Fin des soumissions: 25 novembre 2021 (69 jours restant)

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