Open Data & Environnment

Accélérer la recherche des facteurs d’exposition aux cancers par la structuration des Open Data.

Qu'est-ce que le challenge Open Data & Environnement ?

La décennie 2010 a été l'occasion d'un formidable mouvement de libération de jeux de données ouverts. L'enjeu était alors la mise à disposition. Maintenant que de nombreux pays, dont la France au premier rang, ont mis en place des points d'accès nationaux à l'Open Data, l'enjeu en est l'exploitation.

L'Open Data mis à disposition est une matière brute qui peut trouver une utilité dans plusieurs domaines, notamment en épidémiologie. Or, ces jeux de données, notamment avec une typologie géo-spatiale, peuvent ne pas répondre aux critères de format standard de l'Open Data (absence d'UUID, de mise à jour, liens cassés, etc), empêchant leur analyse dans de bonnes conditions. De plus, les outils de requêtes usuellement retrouvés sur les sites d’Open Data sont trop frustes pour permettre une bonne exploitation en raison des fonctionnalités minimales des moteurs de recherche.

Nous proposons aux challengers de produire une base de données épidémiologiques utiles aux chercheurs s'intéressant aux facteurs de risques oncologiques.

Découvrez à ce sujet l'interview de Bastien Rance et d'Hector Countouris de Géocancer

Objectifs

Structurer les données ouvertes disponibles utiles et pertinentes pour la communauté scientifique à la recherche en épidémiologie des cancers :
En créant une ontologie orientée “épidémiologie du cancer”. Il est proposé de contribuer au projet Open Source Osiris

> Voir la présentation de 15' du projet "OSIRIS" lors de l'évènement de lancement

> Voir la page Github "OSIRIS " .

> Consultez la publication du JCO Clinical Cancer Informatics

En développant des outils de requête (sur des portails proposant des catalogues d’ Open Data, généralement basés sur CKAN) et/ou de web-scrapping pour identifier les jeux de données sur la thématique « épidémiologie du cancer »

Les participants pourront illustrer l’intérêt de leurs outils par un cas d’usage concret, par exemple : extraire les déterminants environnementaux d’un cancer donné et les projeter sur une carte.

Résultats attendus

🗂 Une base ou un catalogue de bases de données utile à la recherche en oncologie reprenant les données environnementales pertinentes.

🔎 Approfondir les API développées par Etalab pour requêter les données et les pérenniser dans le temps.

📈 Construire la "datasets-viz" associée à une telle cartographie.

🔦 Illustrer l'intérêt de cette base de données par des exemples liés à l'épidémiologie des cancers

Sources des données

https://www.data.gouv.fr/

data.gouv. fr utilise :

l'API documenté ici : https://doc.data.gouv.fr/api/reference/
le moteur de recherche : https://ckan.org/
l'ontologie RDF : https://www.w3.org/TR/vocab-dcat/

Autres sources de données :

Données des institutions internationales (OMS, world bank, etc.)
Données des régions, communes et villes
Données des saisons précédentes Epidemium (pour inspiration, quelques liens cassés)
Données ouvertes CNES AIR Indication de BDD ouvertes Eau /Air Acces général : ICI Plus spécifiquement : [Copernicus (BDD, Détails ), PEPS (For Sentinel Datas , RUS-Copernicus ] +contacter également les structures privées possibles en lien avec le CNES (WaltR, WeatherForces, Kayrros)

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Comment créer ou joindre un projet ?

Après avoir rejoins les pages "programme" et "challenge" :

Tu peux créer une équipe ici. Une fois ton équipe formée, crée un projet sur JOGL avec un nom percutant. N'oublie de mettre ta page "projet" régulièrement à jour en fonction de tes recherches, progrès et résultats.
Et/ou, s'il y a un projet déjà créé qui t'intéresse ou un besoin spécifique d'une équipe auquel tu peux répondre, tu peux rejoindre une équipe ici

Ceci te donnera accès à tous les updates, des évènements aux équipes cherchant de l'aide.

*Les ressources (jeux de données, outils collaboratifs, etc...) seront disponibles le 9 septembre*

Quelles sont les guidelines d'un article scientifique ?

Pour être publié dans un journal scientifique, un article doit suivre des règles spécifiques. Ton résumé et ton poster devront suivre ces instructions :

Le résumé et le poster seront structurés sur le modèle d'un article scientifique :

Introduction (contexte et problématique)
Matériel et méthode
Résultats
Discussion
Conclusion

Le résumé devra être accompagné de mots clés (5 maximum).
Les documents devront être écrits en anglais.
Seul les résumés et les posters posté sur GitHub ou GitLab avant le 25 novembre seront évalués par les comités.

Pour en savoir plus sur le processus d'évaluation par les comités, rendez-vous sur la FAQs!